Decyzję o budowie linii kolejowej Sombor – Subotica – Szeged, wraz z budową początkowej stacji kolejowej w Sombor, podjęto w 1864 r. na konferencji w Suboticy. Pięć lat później, 11 września, na nowo wybudowaną stację wjechał pierwszy pociąg. W uroczystym wjeździe pierwszego pociągu udział wziął węgierski sekretarz stanu oraz mieszkańcy i władze miasta.
W 1870 kolej została przedłużona z Somboru do Sonty i Bogojewa. W kolejnych latach dwie nowo wybudowane linie kolejowe połączyły Sombor odpowiednio z Nowym Sadem i Bają w 1895 roku, Bečej w 1906 i Apatin w 1912 roku. Sombor stał się znaczącym węzłem kolejowym, co dało mu impuls do postępu gospodarczego i szybszego rozwoju handlu.
Wybudowany wraz z linią kolejową dworzec główny powstał daleko od centrum miasta, na północnych peryferiach. Budynek dworca był typowym budynkiem wczesnego typu. Budynek dworca był parterowy, z dwoma bocznymi skrzydłami naziemnymi i częścią środkową zwieńczoną tympanonem. Otwory zakończone łukiem odcinkowym zaokrąglono dekoracją wykonaną z cegły. Został zaprojektowany zgodnie z ówczesnymi standardami architektoniczno-budowlanymi, we wszystkim podobnym do budynków dworcowych w innych głównych ośrodkach monarchii habsburskiej.
Kolej łączyła z miastem wszystkie okoliczne wsie i liczne osady rolnicze. Infrastrukturę kolejową uzupełniały dwa mosty nad Kanałem Grand Bačka, na linii kolejowej w kierunku Bogojewa. Sombor pozostał znaczącym ośrodkiem kolejowym w okresie międzywojennym. Pierwszego dnia II wojny światowej, podczas niemieckiego ataku na Królestwo Jugosławii, dworzec kolejowy został znacznie uszkodzony w wyniku bombardowania.
Budynek został wyremontowany w czasie wojny. Centralna część budowli uległa znacznym zmianom w kształcie i stylu, odkąd schodkowy szczyt zastąpił tympanon. Przed dawnym wejściem głównym znajduje się zamknięty ganek, zwieńczony tarasem z kutym ogrodzeniem. Pozostałe części i elementy budynku pozostały bez zmian. Dodatek wprowadził elementy modernistyczne, odbiegające od estetyki pierwotnego budynku.
Dworzec kolejowy Sombor od prawie wieku jest punktem centralnym, oknem na świat. Jednak w latach sześćdziesiątych XX wieku, kiedy ruch kolejowy zszedł w cień drogi, linie kolejowe były stopniowo zamykane, a budynek dworca popadł w zaniedbanie.
