Význam výstavby železnice mezi Peští a Miškolcem byl rozpoznán již ve 30. letech 19. století, ale do Miskolce se železnice dostala až s výrazným zpožděním a oklikou – z Debrecínu – v roce 1859.
Potiská dráha (TVV) získala právo postavit železniční trať Szolnok-Debrecín v roce 1856. Stavba na rovinatém terénu postupovala rychle a 121 km dlouhá trať byla zprovozněna 25. listopadu 1857. Z Debrecínu se železnice TVV rozšířila na sever a v roce 1859 dosáhla Miskolce a procházela přes Nyíregyháza a Szerencs.
Výstavbu trati Debrecín-Miškovec výrazně zbrzdila neshoda mezi vedením města a železniční společností ohledně umístění nádraží. Pro narušené vztahy je typické, že na rozdíl od jiných měst Miskolc nepodpořil výstavbu nádraží volnými pozemky ani stavebními materiály. Otevření železniční stanice „Miskolcz“ proběhlo 24. května 1859 bez slavnostního otevření.
V roce 1860 byla postavena trať spojující Miškovec s Košicemi. O rok později, v roce 1870, byla otevřena trať Hatvan-Miškovec, která výrazně zkrátila délku trasy Pest-Miškovec oproti trase Pešť-Debrecín-Nyíregyháza-Szerencs-Miskolc, a to jak z hlediska času (3,5 hodiny místo 12 hodin), tak délky trati (183 km místo 356 km).
V roce 1880 byla TVV znárodněna a připojena do Maďarských státních drah (MÁV). V roce 1901 již probíhala přestavba nádraží podle plánů MÁV. Nová přijímací budova byla postavena v eklektickém anglickém romantickém stylu podle plánů Ference Pfaffa, hlavního architekta MÁV, jehož jméno je spojeno s návrhem novostaveb a přestaveb téměř čtyřiceti železničních stanic v současném Maďarsku. Stěny jednopatrové budovy byly obloženy cihlami a rámy otvorů, římsy a některé fasádní prvky omítnuty. Impozantní věže dominují oběma stranám vstupu do odbavovací haly.
Ve 40. letech 20. století se Miskolc stal významným železničním uzlem Maďarska, který byl 2. června 1944 cílem jednoho z největších bombardování 2. světové války. Sto těžkých bombardérů ve třech vlnách shodilo zhruba 200 tun bomb. 420 lidí bylo zraněno a 206 zemřelo. Byly poškozeny budovy nádraží a zničeny stavby seřaďovacího nádraží.
Během desetiletí socialismu se stav nádražní budovy zhoršoval a při rekonstrukcích a opravách nebyly respektovány památkové hodnoty. V roce 2003 však byla nádražní budova zrekonstruována do původního stavu z roku 1901 a modernizována, aby odpovídala potřebám doby. Tři letopočty na fasádě budovy odkazují na zřízení nádraží (1859), dokončení budovy podle projektu Ference Pfaffa (1901) a poslední rekonstrukci (2003).
