Slovenské podnikové železniční muzeum vzniklo roku 1983 jako organizační složka někdejší Zprávy Východní dráhy ČSD v Bratislavě (oddělení tehdejšího Střediska technického rozvoje) Původní název, Památník železniční dopravy na Slovensku byl v roce 1986 ještě změněn na Muzejně-dokumentační centrum Východní dráhy a po jejím zrušení pouze na Muzejně-dokumentační centrum (MDC). Od roku 1994 bylo oddělením Výzkumného a vývojového ústavu železnic (VVÚŽ). Po rozdělení železnic zůstalo MDC spolu s VVÚŽ organizační složkou ŽSR. Smlouva o spolupráci mezi ZSSK; s. a ŽSR, která řešila otázku pokračování sbírkotvorné činnosti MDC, jakož i údržbu a provoz slovenské kolekce provozuschopných historických železničních vozidel v podmínkách rozdělené železnice, byla k 1. 9. 2004 stranou ZSSK, a. s. vypovězená. V důsledku toho je v současnosti ochrana slovenských železničních technických památek pouze záležitostí ŽSR. Pozitivní změny v chápání podnikového železničního muzea jako dobrého marketingového nástroje ve vztahu ŽSR a veřejnosti a zejména skvělého osvětového nástroje vedly k organizační změně, jejímž následkem bylo přetvoření MDC na účelové středisko Železniční muzeum Slovenské republiky v působnosti Odboru komunikace ŽSR od 1. 1. 2018.
ŽMSR je zaregistrováno v rejstříku muzeí a galerií na Ministerstva kultury SR (registrační číslo RM 67/2000), což jej zavazuje řídit se při své činnosti zákonem č. j. 206/2009 Sb. ze dne 28. 4. 2009 o muzeích a o galeriích a o ochraně předmětů kulturní hodnoty. ŽMSR vykonává komplexní dokumentační činnost v oblasti vývoje železnic na území Slovenska, a tedy shromažďuje, zhodnocuje, odborně spravuje a prezentuje vhodně vybrané trojrozměrné i plošné artefakty z této oblasti. Kromě vytvoření průřezového a systematického sbírkového fondu, reprezentujícího všechny oblasti práce železnic je výsledkem dosavadní aktivity ŽMSR zejména:
• stálá expozice dějin železnic v Muzeu dopravy STM, celosezónní provoz regionálního železničního muzea „Výhrevna Vrútky“ (tuto činnost zajišťuje dobrovolnické občanské sdružení; blíže viz www.vyhrevna-vrutky.sk) a provoz studijního depozitáře Bratislava
• každoroční celoslovenský sraz provozuschopných slovenských i zahraničních historických železničních vozidel v RD Bratislava východ
• publikační činnost, zejména kniha „Dějiny železnic na území Slovenska“
• archivní a knihovní servis pro individuální badatele.
Mezi nejvýznamněji prováděné nebo připravované projekty ŽMSR patří:
• kompletace expozice dějin železnic v Muzeu dopravy STM (především železničními vozidly) a její postupná animace
• postupná výstavba národního železničního parku v RD Bratislava východ I (staré depo) s důrazem na vozební a dílenské zabezpečení provozu parní trakce a rozměrnější předměty, které nebylo možné umístit v Muzeu dopravy;
• zavedení turistického parního provozu na ozubnicové železnici Pohronská Polhora–Tisovec.
Provozuschopná historická železniční vozidla ŽMSR udržují dobrovolnická občanská sdružení v lokalitách Bratislava, Vrútky, Púchov, Zvolen, Prievidza, Tisovec, Poprad, Haniska při Košicích a Humenné.
Železniční muzeum Slovenské republiky úzce spolupracuje s archívem ŽSR, který je odborným pracovištěm odpovídajícím za shromažďování a uchovávání archivních dokumentů, za odborné zpracovávání archivních fondů a jejich zpřístupňování pro badatelskou činnost za organizaci Železnice Slovenské republiky a jejích právních předchůdců.
Muzeum je otevřeno v období od 15. 4. do 15. 10. denně, vždy od 10:00 do 17:00 hodin, přičemž pro návštěvníky jsou přístupné pouze venkovní expozice. V případě zájmu o prohlídku muzea s průvodcem, prohlídku vnitřních expozic nebo o návštěvu mimo uvedený čas je třeba objednat se nejpozději tři dny předem na telefonním čísle 02/2029 7296.